Перед смертью императрицы Анны Иоанновны Иоанн Антонович в двухмесячном возрасте был провозглашен императором; фактической же правительницей России стала его мать. Но через год в ночь с 24 на 25 ноября 1741 года произошел государственный переворот, дочь Петра I Елизавета Петровна арестовала Анну Леопольдовну. Был арестован и младенец, проведший всю оставшуюся жизнь в заточении. Последние годы жизни Иоанна Антоновича прошли в Шлиссельбургской крепости. В это время императрицей России была уже Екатерина II.

Нашелся молодой офицер, подпоручик Василий Мирович, который решил освободить несчастного Иоанна Антоновича и провозгласить его царем. Вероятно, он рассчитывал на поддержку недовольных императрицей петербургских гвардейцев.
Мирович служил в Смоленском полку и, когда подходил его срок, нес со своей командой из 38 солдат караульную службу в Шлиссельбургской крепости. В ночь с 4 на 5 июля 1764 года Мирович собрал своих солдат и произнес пламенную речь о необходимости освободить законного государя из-под стражи. Поскольку гарнизон крепости составлял 33 человека, предприятие вполне могло удаться.
Дальнейшие события в описании историка развивались так: "Выстроив своих солдат в три шеренги, Мирович направился к казарме, где содержался Иоанн Антонович. Началась перестрелка между командою Мировича и гарнизонными солдатами. Солдаты Мировича отступили. Он им прочел манифест и этим старался возбудить ревность, поздравляя их с государем. Потом взял с бастиона пушку, велел зарядить ее ядром и требовал выдачи арестанта Иоанна. Настала минута, предусмотренная в инструкции Чекина и Власьева. Видя пушку, наступление Мировича, невозможность дальнейшего сопротивления, они, чтобы не отдать арестанта, убили его... Между тем, как внутри казармы совершалось убиение Иоанна, Мирович вбежал на галерею, хватил поручика Чекина за руку и тащил в сени, спрашивая "Где государь?". Чекин сказал: "У нас государыня, а не государь". Мирович бросился в каземат Иоанна; было темно; послали за огнем, и, когда принесли, Мирович увидел на полумертвое тело Иоанна". Чекин и Власьев зарезали беспомощного Иоанна бритвой.
Указом Сената Мировича приговорили к четвертованию, но по "милости" Екатерины II четвертование было заменено обезглавливанием.
Существует также версия, что Мирович по согласованию с Екатериной II имитировал заговор, чтобы у стражей Иоанна Антоновича был законный предлог убить 24-летнего претендента на престол. Мирович думал, что императрица найдет возможность спасти ему жизнь и отблагодарить, но та предпочла избавиться от опасного свидетеля.