Генваря 18 все Бояре Новогородские, Дети Боярские и Житые люди били челом Иоанну, чтобы он принял их в свою службу. Им объявили, что сия служба, сверх иных обязанностей, повелевает каждому из них извещать Великого Князя о всяких злых против него умыслах, не исключая ни брата, ни друга, и требует скромности в тайнах Государевых. Они обещали то и другое. - В сей день Иоанн позволил городу иметь свободное сообщение с окрестностями; Генваря 20 отправил гонца в Москву к матери своей (которая без него постриглась в Инокини), к Митрополиту и к сыну с известием, что он привел Великий Новгород во всю волю свою, на другой день допустил к себе тамошних Бояр, Житых людей и купцев с дарами и послал своих Наместников, Князя Ивана Стригу и брата его, Ярослава, занять Двор Ярославов; а сам не ехал в город, ибо там свирепствовали болезни.

Наконец, 29 Генваря, в Четверток Масляной недели, он с тремя братьями и с Князем Василием Верейским прибыл в церковь Софийскую, отслушал Литургию, возвратился на Иаозерье и пригласил к себе на обед всех знатнейших Новогородцев. Архиепископ пред столом поднес ему в дар панагию, обложенную золотом и жемчугами, струфово яйцо, окованное серебром в виде кубка, чарку сердоликовую, хрустальную бочку, серебряную мису в 6 фунтов и 200 корабельников, или 400 червонцев. Гости пили, ели и беседовали с Иоанном.

Февраля 1 он велел взять под стражу Купеческого Старосту, Марка Памфилиева, Февраля 2 славную Марфу Борецкую с ее внуком Василием Феодоровым (коего отец умер в Муромской темнице), а после из Житых людей - Григория Киприанова, Ивана Кузмина, Акинфа с сыном Романом и Юрия Репехова, отвезти в Москву и все их имение описать в казну. Сии люди были единственною жертвою грозного Московского Самодержавия, или как явные, непримиримые враги его, или как известные друзья Литвы. Никто не смел за них вступиться. Февраля 3 Наместник Великокняжеский, Иван Оболенский-Стрига, отыскал все письменные договоры, заключенные Новогородцами с Литвою, и вручил их Иоанну. - Все было спокойно; но Великий Князь прислал в город еще двух иных Наместников, Василия Китая и Боярина Ивана Зиновьевича, для соблюдения тишины, велев им занять дом Архиепископский.
Февраля 8 Иоанн вторично слушал Литургию в Софийской церкви и обедал у себя в стане с братом Андреем Меньшим, с Архиепископом и знатнейшими Новогородцами. Февраля 12 Владыка Феофил пред обеднею вручил Государю дары: цепь, две чары и ковш золотые, весом около девяти фунтов; вызолоченную кружку, два кубка, мису и пояс серебряные, весом в тридцать один фунт с половиною, и 200 корабельников. - Февраля 17, рано поутру, Великий Князь отправился в Москву; на первом стане, в Ямнах, угостил обедом Архиепископа, Бояр и Житых людей Новогородских; принял от них несколько бочек вина и меда; сам отдарил всех, отпустил с милостию в Новгород и приехал в столицу 5 Марта. Вслед за ним привезли в Москву славный Вечевой колокол Новогородский и повесили его на колокольне Успенского собора, на площади. - Если верить сказанию современного историка, Длугоша, то Иоанн приобрел несмертное богатство в Новегороде и нагрузил 300 возов серебром, золотом, каменьями драгоценными, найденными им в древней казне Епископской или у Бояр, коих имение было описано, сверх бесчисленного множества шелковых тканей, сукон, мехов и проч. Другие ценят сию добычу в 14000000 флоринов: что без сомнения увеличено.
Так Новгород покорился Иоанну, более шести веков слыв в России и в Европе Державою народною, или Республикою, и действительно имев образ Демократии: ибо Вече гражданское присвоивало себе не только законодательную, но и вышнюю исполнительную власть; избирало, сменяло не только Посадников, Тысячских, но и Князей, ссылаясь на жалованную грамоту Ярослава Великого; давало им власть, но подчиняло ее своей верховной; принимало жалобы, судило и наказывало в случаях важных; даже с Московскими Государями, даже и с Иоанном заключало условия, взаимною клятвою утверждаемые, и в нарушении оных имея право мести или войны; одним словом, владычествовало как собрание народа Афинского или Франков на поле Марсовом, представляя лицо Новагорода, который именовался Государем. Не в правлении вольных городов Немецких - как думали некоторые Писатели, - но в первобытном составе всех Держав народных, от Афин и Спарты до Унтервальдена или Глариса, надлежит искать образцов Новогородской политической системы, напоминающей ту глубокую древность народов, когда они, избирая сановников вместе для войны и суда, оставляли себе право наблюдать за ними, свергать в случае неспособности, казнить в случае измены или несправедливости и решить все важное или чрезвычайное в общих советах. Мы видели, что Князья, Посадники, Тысячские в Новегороде судили тяжбы и предводительствовали войском: так древние Славяне, так некогда и все иные народы не знали различия между воинскою и судебною властию. Сердцем или главным составом сей Державы были Огнищане, или Житые люди, то есть домовитые, или владельцы: они же и первые воины, как естественные защитники отечества; из них выходили Бояре или граждане, знаменитые заслугами. Торговля произвела купцев: они, как менее способные к ратному делу, занимали вторую степень; а третью - свободные, но беднейшие люди, названные черными. Граждане Младшие явились в новейшие времена и стали между купцами и черными людьми. Каждая степень без сомнения имела свои права: вероятно, что Посадники и Тысячские избирались только из Бояр; а другие сановники из Житых, купцев и Младших граждан, но не из черных людей, хотя и последние участвовали в приговорах Веча. Бывшие Посадники, в отличие от Степенных, или настоящих, именуясь старыми, преимущественно уважались до конца жизни. - Ум, сила и властолюбие некоторых Князей, Мономаха, Всеволода III, Александра Невского, Калиты, Донского, сына и внука его, обуздывали свободу Новогородскую, однако ж не переменили ее главных уставов, коими она столько веков держалась, стесняемая временно, но никогда не отказываясь от своих прав.

История Новагорода составляет любопытнейшую часть древней Российской. В самых диких местах, в климате суровом основанный, может быть, толпою Славянских рыбарей, которые в водах Ильменя наполняли свои мрежи изобильным ловом, он умел возвыситься до степени Державы знаменитой. Окруженный слабыми, мирными племенами Финскими, рано научился господствовать в соседстве; покоренный смелыми Варягами, заимствовал от них дух купечества, предприимчивость и мореплавание; изгнал сих завоевателей и, будучи жертвою внутреннего беспорядка, замыслил Монархию, в надежде доставить себе тишину для успехов гражданского общежития и силу для отражения внешних неприятелей; решил тем судьбу целой Европы Северной и, дав бытие, дав Государей нашему отечеству, успокоенный их властию, усиленный толпами мужественных пришельцев варяжских, захотел опять древней вольности: сделался собственным законодателем и судиею, ограничив власть Княжескую: воевал и купечествовал; еще в Х веке торговал с Царемградом, еще во XII посылал корабли в Любек; сквозь дремучие леса открыл себе путь до Сибири и, горстию людей покорив обширные земли между Ладогою, морями Белым и Карским, рекою Обию и нынешнею Уфою, насадил там первые семена гражданственности и Веры Христианской; передавал Европе товары Азиатские и Византийские, сверх драгоценных произведений дикой натуры; сообщал России первые плоды ремесла Европейского, первые открытия Искусств благодетельных; славясь хитростию в торговле, славился и мужеством в битвах, с гордостию указывая на свои стены, под коими легло многочисленное войско Андрея Боголюбского; на Альту, где Ярослав Великий с верными Новогородцами победил злочестивого Святополка; на Липицу, где Мстислав Храбрый с их дружиною сокрушил ополчение Князей Суздальских; на берега Невы, где Александр смирил надменность Биргера, и на поля Ливонские, где Орден Меченосцев столь часто уклонял знамена пред Святою Софиею, обращаясь в бегство. Такие воспоминания, питая народное честолюбие, произвели известную пословицу: кто против Бога и Великого Новагорода? Жители его хвалились и тем, что они не были рабами Моголов, как иные Россияне: хотя и платили дань Ординскую, но Великим Князьям, не зная Баскаков и не быв никогда подвержены их тиранству.
Летописи Республик обыкновенно представляют нам сильное действие страстей человеческих, порывы великодушия и нередко умилительное торжество добродетели среди мятежей и беспорядка, свойственных народному правлению: так и летописи Новагорода в неискусственной простоте своей являют черты, пленительные для воображения. Там народ, подвигнутый омерзением к злодействам Святополка, забывает жестокость Ярослава I, хотящего удалиться к Варягам, рассекает ладии, приготовленные для его бегства, и говорит ему: "Ты умертвил наших братьев, но мы идем с тобою на Святополка и Болеслава; у тебя нет казны: возьми все, что имеем". Здесь Посадник Твердислав, несправедливо гонимый, слышит вопль убийц, посланных вонзить ему меч в сердце, и велит нести себя больного на градскую площадь, да умрет пред глазами народа, если виновен, или будет спасен его защитою, если невинен; торжествует и навеки заключается в монастырь, жертвуя спокойствию сограждан всеми приятностями честолюбия и самой жизни. Тут достойный Архиепископ, держа в руке крест, является среди ужасов междоусобной брани; возносит руку благословляющих, именует Новогородцев детьми своими, и стук оружия умолкает: они смиряются и братски обнимают друг друга. В битвах с врагами иноплеменными Посадники, Тысячские умирали впереди за Святую Софию. Святители Новогородские, избираемые гласом народа, по всеобщему уважению к их личным свойствам, превосходили иных достоинствами Пастырскими и гражданскими; истощали казну свою для общего блага; строили стены, башни, мосты и даже посылали на войну особенный полк, который назывался Владычным, будучи главными блюстителями правосудия, внутреннего благоустройства, мира, ревностно стояли за Новгород и не боялись ни гнева Митрополитов, ни мести Государей Московских. Видим также некоторые постоянные правила великодушия в действиях сего часто легкомысленного народа: таковым было не превозноситься в успехах, изъявлять умеренность в счастии, твердость в бедствиях, давать пристанище изгнанникам, верно исполнять договоры, и слово: Новогородская честь, Новогородская душа служило иногда вместо клятвы. - Республика держится добродетелию и без нее упадает.
Падение Новагорода ознаменовалось утратою воинского мужества, которое уменьшается в державах торговых с умножением богатства, располагающего людей к наслаждениям мирным. Сей народ считался некогда самым воинственным в России и где сражался, там побеждал, в войнах междоусобных и внешних: так было до XIV столетия. Счастием спасенный от Батыя и почти свободный от ига Моголов, он более и более успевал в купечестве, но слабел доблестию: сия вторая эпоха, цветущая для торговли, бедственная для гражданской свободы, начинается со времен Иоанна Калиты. Богатые Новогородцы стали откупаться серебром от Князей Московских и Литвы; но вольность спасается не серебром, а готовностию умереть за нее: кто откупается, тот признает свое бессилие и манит к себе Властелина. Ополчения Новогородские в XV веке уже не представляют нам ни пылкого духа, ни искусства, ни успехов блестящих. Что кроме неустройства и малодушного бегства видим в последних решительных битвах за свободу? Она принадлежит льву, не агнцу, и Новгород мог только избирать одного из двух Государей, Литовского или Московского: к счастию, наследники Витовтовы не наследовали его души, и Бог даровал России Иоанна.
Хотя сердцу человеческому свойственно доброжелательствовать Республикам, основанным на коренных правах вольности, ему любезной; хотя самые опасности и беспокойства ее, питая великодушие, пленяют ум, в особенности юный, малоопытный; хотя Новогородцы, имея правление народное, общий дух торговли и связь с образованнейшими Немцами, без сомнения отличались благородными качествами от других Россиян, униженных тиранством Моголов: однако ж История должна прославить в сем случае ум Иоанна, ибо государственная мудрость предписывала ему усилить Россию твердым соединением частей в целое, чтобы она достигла независимости и величия, то есть чтобы не погибла от ударов нового Батыя или Витовта; тогда не уцелел бы и Новгород: взяв его владения, Государь Московский поставил одну грань своего Царства на берегу Наровы, в угрозу Немцам и Шведам, а другую за Каменным Поясом, или хребтом Уральским, где баснословная древность воображала источники богатства и где они действительно находились в глубине земли, обильной металлами, и во тьме лесов, наполненных соболями. - Император Гальба сказал: "Я был бы достоин восстановить свободу Рима, если бы Рим мог пользоваться ею". Историк Русский, любя и человеческие и государственные добродетели, может сказать: "Иоанн был достоин сокрушить утлую вольность Новогородскую, ибо хотел твердого блага всей России".

Здесь умолкает особенная История Новагорода. Прибавим к ней остальные известия о судьбе его в государствование Иоанна. В 1479 году Великий Князь ездил туда, сменил Архиепископа Феофила, будто бы за тайную связь с Литвою, и прислал в Москву, где он через шесть лет умер в обители Чудовской как последний из знаменитых народных Владык; преемником его был Иеромонах Троицкий, именем Сергий, избранный по жребию из трех духовных особ: чем Великий Князь хотел изъявить уважение к древнему обычаю Новогородцев, отняв у них право иметь собственных Святителей. Сей Архиепископ, не любимый гражданами, через несколько месяцев возвратился в Троицкую обитель за болезнию. Место его заступил Чудовский Архимандрит Геннадий. - Не мог вдруг исчезнуть дух свободы в народе, который пользовался ею столько веков, и хотя не было общего мятежа, однако ж Иоанн видел неудовольствие и слышал тайные жалобы Новогородцев: надежда, что вольность может воскреснуть, еще жила в их сердце; нередко обнаруживалась природная их строптивость; открывались и злые умыслы. Чтобы искоренить сей опасный дух, он прибегнул к средству решительному: в 1481 году велел взять там под стражу знатных людей: Василия Казимера с братом Яковом Коробом, Михаила Берденева и Луку Федорова, а скоро и всех главных Бояр, коих имущество, движимое и недвижимое, описали на Государя. Некоторых, обвиняемых в измене, пытали: они сами доносили друг на друга; но, приговоренные к смерти, объявили, что взаимные их доносы были клеветою, вынужденною муками: Иоанн велел разослать их по темницам; другим, явно невинным, дал поместья в областях Московских. В числе богатейших граждан, тогда заточенных, Летописец именует славную жену Анастасию и Боярина Ивана Козмина: у первой в 1476 году пировал Великий Князь с двором своим; а второй уходил в Литву с тридцатью слугами, но, будучи недоволен Казимиром, возвратился в отчизну и думал по крайней мере умереть там спокойно. - В 1487 году перевели из Новагорода в Владимир 50 лучших семейств купеческих. В 1488 году Наместник Новогородский, Яков Захарьевич, казнил и повесил многих Житых людей, которые хотели убить его, и прислал в Москву более осьми тысяч Бояр, именитых граждан и купцов, получивших земли в Владимире, Муроме, Нижнем, Переславле, Юрьеве, Ростове, Костроме; а на их земли, в Новгород, послали Москвитян, людей служивых и гостей. Сим переселением был навеки усмирен Новгород. Остался труп: душа исчезла: иные жители, иные обычаи и нравы, свойственные Самодержавию. Иоанн в 1500 году, с согласия Митрополитова, роздал все Новогородские церковные имения в поместье Детям Боярским.
Один Псков еще сохранил древнее гражданское образование, вече и народных сановников, обязанный тем своему послушанию. Великий Князь, довольный его содействием в походе Новогородском, прислал ему в дар кубок и милостиво обещал не променять старины, а сведав, что Послы Великокняжеские делают там наглые обиды жителям, с гордостию отвергают дары Веча, но своевольно берут у граждан и поселян что им вздумается, он строго запретил такие насилия. В сем случае, как и в других, видим Иоанново правило соглашать вводимое им единовластие с уставом естественной справедливости и не отнимать ничего без вины. Псков удержал до времени свои законы гражданские, ибо не оспоривал Государевой власти отменить их.
Довольный славным успехом Новогородского похода, Иоанн скоро насладился и живейшею семейственною радостию. София была уже материю трех дочерей: Елены, Феодосии и второй Елены; хотела сына и вместе с супругом печалилась, что Бог не исполняет их желания. Для сего ходила она пешком молиться в обитель Троицкую, где, как пишут, явился ей Св. Сергий, держа на руках своих благовидного младенца, приближился к Великой Княгине и ввергнул его в ее недра, София затрепетала от видения столь удивительного; с усердием облобызала мощи Святого и чрез девять месяцев родила сына, Василия-Гавриила. Сию повесть рассказывал сам Василий (уже будучи Государем) Митрополиту Иоасафу. После того София имела четырех сыновей: Георгия, Димитрия, Симеона, Андрея, дочерей Феодосию и Евдокию.
Покорение Новагорода есть важная эпоха сего славного княжения: следует другая, еще важнейшая: торжественное восстановление нашей государственной независимости, соединенное с конечным падением Большой, или Золотой Орды. Тут ясно открылась мудрость Иоанновой Политики, которая неусыпно искала дружбы Ханов Таврических, чтобы силою их обуздывать Ахмата и Литву. Недолго Зенебек господствовал в Тавриде: Менгли-Гирей изгнал его, воцарился снова и прислал известить о том Иоанна, который немедленно отправил к нему гонца с поздравлением, а скоро (в 1480 году) и Боярина, Князя Ивана Звенца. Сей Посол должен был сказать Хану, что Великий Князь, из особенной к нему дружбы, принял к себе не только изгнанного Царя Зенебека, но и двух братьев Менгли-Гиреевых, Нордоулата и Айдара, живших прежде в Литве, дабы отнять у них способ вредить ему; что Государь согласен действовать с Менгли-Гиреем против Ахмата, если он будет ему поборником против Казимира Литовского. На сих условиях надлежало после заключить союз с Ханом: для чего и дали ему шертную, или клятвенную грамоту с повелением изъяснить Вельможам Крымским, сколь, усердно Государь доброжелательствует их Царю. Сверх того Боярин Звенец имел поручение отдать Хану наедине тайную грамоту, утвержденную крестным целованием и золотою печатию: сею грамотою, по желанию Менгли-Гирея написанною, Великий Князь обязывался дружески принять его в России, буде он в третий раз лишится престола; не только обходиться с ним как с Государем вольным, независимым, но и способствовать ему всеми силами к возвращению царства. Испытав непостоянство судьбы, умный, добрый Менгли-Гирей хотел взять меры на случай ее новых превратностей и заблаговременно изготовить себе убежище: сия печальная мысль расположила его к самому верному дружеству с Иоанном. Боярин Звенец успел совершенно в деле своем: заключили союз, искренностию и Политикою утвержденный; условились вместе воевать или мириться; наблюдать все движения Ахмата и Литвы; тайно или явно мешать их замыслам, вредным для той или другой стороны; наконец обеим Державам, Москве и Крыму, действовать как единой во всех случаях.