Борис Ельцин скончался 23 апреля 2007 года в 15:45 по московскому времени в Центральной клинической больнице в результате остановки сердца, вызванной прогрессирующей сердечно-сосудистой, а затем — полиорганной недостаточностью, то есть нарушением функций многих внутренних органов, вызванным заболеванием сердечно-сосудистой системы. Ельцин был госпитализирован за 12 дней до смерти. «Он перенес довольно выраженную катарально-вирусную инфекцию, которая очень сильно ударила по всем органам и системам», сообщил в новостной телепрограмме «Вести» руководитель Медцентра Управления делами Президента России Сергей Миронов[29]. По желанию родственников Бориса Ельцина вскрытие тела не проводилось. 23 апреля, в день смерти Б. Н. Ельцина, Президент России Владимир Путин подписал указ, который, в частности, объявил день похорон Ельцина днём национального траура.
Хотя Б. Н. Ельцин был крещён в православной церкви сразу после рождения, он неоднократно заявлял, что является атеистом. Согласно опросам ФОМ, присутствие Ельцина на богослужениях и участие в качестве главы государства в некоторых православных обрядах вызывало у большинства россиян «особенное раздражение»[32]. Иерархи РПЦ при жизни Ельцина также не признавали его православным. Тем не менее, Б. Н. Ельцин был отпет в храме Христа Спасителя, который был открыт всю ночь с 24 на 25 апреля, для того чтобы все желающие могли попрощаться с экс-президентом России. По утверждению некоторых православных иерархов, Ельцин стал первым главой государства после Александра III, похороненным по православному обряду (т. к. РПЦ отрицает подлинность останков, захороненных при непосредственном участии Ельцина по православному обряду в 1998 году как останки Николая II). «Когда-нибудь история даст почившему беспристрастную оценку», — отметил патриарх Московский Алексий II, не участвовавший в отпевании и похоронах. Один из иерархов РПЦ, пожелавший остаться неизвестным, отметил: «В царской России с упоминанием титулов отпевали только царей и императоров… Звание первого президента, вообще, не лучшая рекомендация для Суда Божьего.»
Ельцин был похоронен 25 апреля на Новодевичьем кладбище с воинскими почестями. Трансляцию похорон вели все государственные каналы в прямом эфире.
